Salah satu kegiatan utama dari Yayasan LINI adalah melakukan survei dan monitoring sumberdaya terumbu karang.  Metode yang digunakan adalah Transek Garis dan Manta Tow untuk survei terumbu karang serta Sensus Visual untuk survei ikan.

Beberapa lokasi yang telah disurvei antara lain perairan Bali Utara (Kabupaten Buleleng), meliputi Kecamatan Gerokgak, Buleleng dan Tejakula.  Sedangkan di luar Bali adalah Propinsi Lampung dan Kabupaten Banggai Kepulauan.